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Using the LigPrep module (Schrodinger Release, 2021e) from the Maestro (Schrodinger Release, 2021f), the ligands structures were optimized using the OPLS4 force field, with respect to energy, chirality, and ionization state

At the end of this 7-day labelling period ( t = 0 h), samples were collected to verify complete incorporation of the heavy label into cellular proteins